El club donde Joaquín ha jugado más temporadas es el Real Betis Balompié, donde empezó en las categorías inferiores. Cuando consiguió entrar en el equipo, él seguía viviendo en Cádiz, e iba a Sevilla todos los días a entrenar. El 26 de agosto de 2000 debutó con el primer equipo.

A punto de empezar la temporada 2006 - 2007, Joaquín hizo unas declaraciones donde decía que era el momento de irse del Real Betis, y tanto el club andaluz como el Valencia CF, llegaron a un acuerdo para traspasar al jugador al club che. Pero un día antes del primer partido de Liga, precisamente entre los dos clubs implicados, el dueño del club bético, Manuel Ruiz de Lopera se negó a traspasarlo por el momento, y obligó a Joaquín a irse cedido al Albacete, cancelándose la cesión a última hora.

Finalmente Joaquín fichó por el Valencia CF a cambio de 25 millones de euros (pese a que en un principio iban a ser 20 millones mas el interior izquierdo Mario Ignacio Regueiro), aunque a punto estuvo de llevárselo el Olympique de Lyon, ya que este club ofrecía 20 millones de euros más el internacional francés Sidney Govou.

El día 28 de agosto de 2006 fue presentado como jugador del Valencia CF. Fue aclamado por los más de 8.500 aficionados valencianistas que le esperaban a su llegada en el estadio de Mestalla. Joaquín, emocionado, reprochó tímidamente el comportamiento autoritario de Manuel Ruiz de Lopera, máximo accionista del Real Betis Balompié, y agradeció a los dirigentes del Valencia el esfuerzo y el interés que mostraron en todo momento por su fichaje.

A pesar de los 25 millones de euros de su traspaso y anotar sólo 5 goles, Joaquín se ganó la simpatía de los aficionados al club de Mestalla. Después de un complicado acoplamiento al equipo che volvió a deslumbrar con sus regates y desbordes por la banda como acostumbraba en el Real Betis.