Alfonso Pérez Muñoz empezó a jugar a fútbol en el las categorías inferiores del Real Madrid y, en el año 1990, dio el salto al primer equipo. Con el conjunto blanco ganó Liga (95), Copa del Rey (93) y Supercopa (93), y marcó 13 tantos.

En 1995, el Real Betis consiguió su cesión, y al año siguiente, su fichaje. Marcó 25 goles en una de las temporadas que pasó en el club bético, y se convirtió en el jugador del Real Betis que más goles marcó en una sola temporada de toda la historia. Jugó un total de 152 partidos en sus primeras cinco temporadas que estuvo en el equipo verdiblanco, y anotó 57 goles.

En el año 2000, el FC Barcelona apostó fuerte y consiguió llevarse al delantero. Tras no funcionar en su primera temporada en el Nou Camp (2 goles en 21 encuentros), el Barça le cedió en 2001 al Olympique de Marsella francés, donde tampoco brilló (4 tantos en 11 partidos). Finalmente el Barça lo volvió a ceder en 2002 al Real Betis, que le fichó de nuevo acabado el año.

Dos temporadas y media en el equipo verdiblanco en las que jugó poco, en parte por condición física y por otra las lesiones, las cuales le han acompañado a lo largo de su carrera, aun así anotó 10 tantos en 45 partidos. Su contrato acabó en junio de 2005, tras la consecución de su segunda Copa del Rey frente a CA Osasuna, lo cual le supuso su retirada del fútbol de alto nivel.

Alfonso con 69 tantos sólo es superado por Poli Rincón (78) como máximo goleador de la historia del Real Betis.

Desde noviembre de 2005, juega con los veteranos del Real Madrid.